Институт прикладной экологии создан в 1993 году. Ведет фундаментальные и прикладные исследования в области экологии, зоологии Северо-Восточного Кавказа, мониторинга Каспийского моря и прибрежных экосистем.

Основные направления деятельности:

• структурно-функциональная организация и устойчивость горных экосистем и закономерности их антропогенных изменений
• составление и ведение кадастровой книги
• системно-экологические аспекты устойчивого развития Республики Дагестан
• структурно-функциональная организация и устойчивость морских и наземных экосистем разных типов в связи с динамикой условий среды и форм антропогенных воздействий
• эколого-географические аспекты распространения злокачественных новообразований в Республике Дагестан.

У института имеется две экспериментальные базы, одна из лучших в России передвижных аналитических лабораторий.

Коллектив института выполняет большой объем хоздоговорных работ (2-2,5 млн.руб. в год), что позволяет также расширить научно-исследовательскую работу на факультете экологии Дагестанского государственного университета.

Наиболее крупные научно-исследовательские проекты, выполненные коллективом ИПЭ:

1. Оценка воздействия на окружающую среду существующих и проектируемых нефтепроводов, 1998.
2. Изыскания по фоновым данным окружающей среды на существующих объектах трубопровода КТК(Р), 1998.
3. Реконструкция и расширение системы нефтепроводов для организации перекачки нефти по маршруту Махачкала-Тихорецк, 1999.
4. Реконструкция и расширение нефтепроводов Баку-Тихорецк для транспортировки азербайджанской нефти (I очередь 5,0 млн тонн/год). Перевалка нефти через ПНБ, 2000.
5. Комплексная экологическая оценка результатов строительства и эксплуатации Ирганайской ГЭС, экологический мониторинг, разработка эколого-экономической концепции развития гидроэнергетики Республики Дагестан, 2006
6. Биоэкологические основы систем защиты биологического разнообразия дагестанской части Каспийского моря – 2006
7. Оценка состояния биологического разнообразия на участке Центрально – Каспийский 2008
8. «Эколого-экономическая и социальная эффективность строительства газопровод-отвода к с.Ботлих и Ботлихскому району Республики Дагестан и его вклад в устойчивое развитие и послевоенную реабилитацию» (ОАО «Газпром трансгаз - Махачкала»). - 2009
9. «Самооценка потребностей национального потенциала для управления глобальной окружающей средой» (проект НСП – по национальной самооценке потенциала) (Проект ГЭФ/ЮНЕП)-2009г.